(Foto: Jon-Are Berg-Jacobsen, Nofima)

PathoSeq

Høypresisjons mattrygghet - Patogengenomikk for matindustrien

 Trygg og holdbar mat  

«PathoSeq» har som målsetning at bedrifter i norsk matindustri blir forberedt på å håndtere utfordringer og utnytte fordelene ved moderne DNA sekvenserings-teknologi for overvåkning og kontroll av matbårne patogene bakterier. Prosjektet vil fokusere på Listeria monocytogenes, som er den viktigste mattrygghetsutfordringen i norsk matindustri.

Tidspunkt:1. april 2019 – 31. mars 2023
Finansiering: Forskerstyrt NFR-finansiert
Oppdragsgiver:Forskningsrådet (BIONÆR)
Samarbeid:I tillegg til Nofima deltar også forskningsmiljø fra Senter for Rettsinformatikk ved Universitetet i Oslo og fra Institute for Milk Hygiene ved University of Veterinary Medicine Vienna. Industripartnere som deltar i prosjektet er Nortura, Grilstad, Norsk Kylling, Orkla Foods, Kjøtt og Fjørfebransjens Landsforbund (KLF), SinkabergHansen, SalMar og Slakteriet.
Kontaktperson
Portrettbilde av Annette Fagerlund

Norsk næringsmiddelindustri driver et kontinuerlig kvalitetsarbeid for å møte utfordringer knyttet til mattrygghet, og moderne matproduksjon er avhengig av at man raskt finner og fjerner smittekilder for sykdomsfremkallende bakterier. Sentralt i dette arbeidet er å overvåke forekomst av uønskede bakterier i råvarer, produksjonsmiljø og produkter. Effektiv problemløsning og forebygging krever raskere og mer spesifikke påvisningsmetoder.

Helgenomsekvensering (whole genome sequencing; WGS) er en metode for å bestemme en organismes totale arvemateriale (DNA).

Sammenlignet med tradisjonelle metoder gir WGS-analyser overlegent mer sensitive, spesifikke og presise svar på hvor nært beslektet for eksempel et pasientisolat er med en bakterie funnet i mat eller matproduksjonsmiljø. Metodikken er derfor i ferd med å revolusjonere hvordan folkehelse- og forvaltnings-sektoren gjennomfører sporing, sykdomsoppklaring og rutinemessig overvåking av patogene bakterier i matkjeden. Man ser for seg at dette gir muligheter til å spore bakterier som gir sykdom tilbake til enkeltanlegg.

Kunnskap og nytteverdi

Den potensielt største nytteverdien ved bruk av DNA sekvensering for mattrygghet er imidlertid i svært liten grad implementert: Hvis metoden brukes til mer effektiv kartlegging av smittekilder og -veier i bedriftenes forebyggende arbeid, vil man kunne sette inn tiltak før problemer oppstår eller vokser.

WGS-analyser gir også kunnskap om bakterienes funksjonelle egenskaper, som virulens, patogenisitet og antibiotikaresistens, noe som kan benyttes for å forbedre planer for risikobasert håndtering av mattrygghetspørsmål.

Hva vi vil jobbe med i prosjektet

Prosjektet vil arbeide med å bygge en genomdatabase for å øke kunnskap om opphav, smitteveier, mangfold og distribusjon av ulike Listeria-typer i norsk matindustri. Vi vil undersøke om metagenomiske sekvenseringsmetoder kan brukes til å gi raskere og mer sensitive prøvesvar, noe som kan gi bransjen mulighet til raskere å sette inn tiltak ved positive prøver.

Vi vil studere evnen til å forårsake sykdom og å etablere seg i fabrikker for de vanligste Listeria-typene i norsk matkjede, og utarbeide praktiske analysestrategier for hvordan sekvensdata kan brukes for å styrke bedriftenes internkontrollsystemer.

Prosjektet vil bruke en tverrfaglig tilnærming for å gi råd til matindustrien basert på vitenskapelige resultater. Dette vil inkludere å kartlegge juridiske og forvaltningsmessige aspekter som er relevante i forhold til implementering av WGS metodikk for regulering og kontroll av matsikkerhet, nasjonalt og internasjonalt.

Prosjektet vil fokusere på Listeria monocytogenes, men resultater vil være relevante også for kontroll av andre mikrobielle mattrygghetsutfordringer i matkjede.

Les mer om:

Relatert innhold