Molekylær analyseplattform

DNA, arvestoffet som er til stede i alle levende celler, er velegnet til bruk i diagnostikk. Våre forskere bruker DNA-baserte metoder for påvisning av bakteriesamfunn (mikrobiota) i mat, menneske og i produksjonsdyr. DNA og RNA-baserte metoder benyttes for å studere bakteriell funksjonalitet.

Kontaktperson
Portrettbilde av Birgitte Moen
Birgitte Moen

Forsker
Tlf.: +47 922 08 108
birgitte.moen@nofima.no

Kontaktperson
Portrettbilde av Ida Rud
Ida Rud

Forsker
Tlf.: +47 909 65 451
ida.rud@nofima.no

STRATEGISK FORSKNINGSPROGRAM

Dette forskningsområdet har en tett kobling til det strategiske programmet FoodMicroControl – Mattrygghet, matkvalitet og helsefordeler gjennom økt kontroll med mikrofloraen.

miseqVed Nofima benytter vi oss av «Neste Generasjons Sekvensering» (NGS), også kalt dybdesekvensering, for karakterisering av bakteriesamfunn, genomsekvensering av bakterier og for å studere bakterienes genuttrykk (transkriptom). De fleste analysene utføres med vår MiSeq (Illumina) sekvenseringsmaskin.

Bakteriesamfunnsanalyser av miljø, mat og tarmprøver

Vi analyser bakteriesamfunn i en lang rekke prøvematerialer; alt fra miljøprøver/biofilm i produksjonsmiljø, forringelsesflora i matprøver, flora under spontan fermentering og avføringsprøver (feces) fra mennesker og dyr. Nofima legger vekt på å forstå tarmfloraens betydning for helse hos dyr og mennesker, samt studere hvordan maten man kan endre tarmfloraen i positiv retning. Til denne forskning benytter vi vår in vitro tykktarmsmodell eller samarbeider med medisin- eller veterinærmiljøet for in vivo studier.

Nofima benytter seg av «state-of-the-art» teknologier og metoder for å studere bakteriesamfunn og bruker avanserte bioinformatiske og statistiske analyser. Nofimas statistikkforskere har siden 1970-tallet vært i front når det gjelder utvikling av multivariate metoder for dataanalyse. Disse metodene er nødvendige for å trekke ut relevant informasjon fra store datatabeller, og brukes for eksempel til å identifisere hvilke bakterier i tarmfloraen som har en viktig relasjon til ulike diett- og helseindikatorer.  Bakteriesamfunnsanalysene generer informasjon om taksonomi og diversitet.

analysekurver

«Omics» – bakteriell funksjonalitet

Vi benytter genom- og transkriptomsekvensering for å kartlegge en bakteries funksjonelle egenskaper. Vi studerer egenskapene til både nyttige og patogene bakterier, og vi studerer hvordan bakteriene tilpasser seg endrede miljøbetingelser på gennivå.

Les mer om:

Relatert innhold

  • Nyheter