Salmon antithrombin has only three carbohydrate side chains, and shows functional similarities to human beta-antithrombin

Summary

Antitrombin, som er en av de viktigste koagulasjonsinhibitorene hos pattedyr, er for første gang cDNA-klonet fra fisk.Det ferdige protein fra leveren til Atlanterhavslaks ser ut til å ha 430 amino syrer og ca. 67 % sekvenslikhet med antitrombinene fra pattedyr og kylling. En enkelt nukleotid-utbytting har ført til at Asn135 i antitrombinet hos høyere virveldyr er byttet ut med Asp hos laksens antitrombin. Dette medfører at et potensialt glykosyleringssete nær et heparin-bindingssete mangler hos laksens antitrombin. Eksistensen av kun tre N-bundne side kjeder er vist ved hjelp av fjerning av karbohydratkjedene med N-glykosidase F. Laksens antitrombin har således en høy affinitet for heparin, Kd på 2.2 og 48 nM ved ionestyrke 0.15 og 0.30, respektivt. Dette er meget likt affiniteten til den humane isoformen av antitrombin, beta-antitrombin, som finnes i små mengder og som ikke er glykosylert ved Asn135. Videre ser det ut til at den ikke-variable posisjonen Ser137 hos pattedyr og kylling antitrombin er byttet ut med Thr hos laks. En slik utbytting har vist å gi full glykosylering hos human antitrombin. På denne måten kan hurtig reag Antithrombin, a major coagulation inhibitor in mammals, has for the first time been cDNA cloned from a fish species. The predicted mature liver antithrombin of Atlantic salmon (Salmo salar L.) consists of 430 amino acids and shows about 67% sequence identity to mammalian and chicken antithrombins. Due to a single nucleotide replacement, Asn135 of the antithrombin in higher vertebrates is substituted by Asp in the salmon homolog. Hence, in contrast to the vertebrate antithrombins known so far, salmon antithrombin lacks the potential glycosylation site located close to the heparin binding site. The existence of only three N-linked side chains is evidenced by the sequential removal of three carbohydrate chains from salmon antithrombin during timed-digestion with N-glycosidase F. The high heparin affinity of the salmon inhibitor, Kd of 2.2 and 48 nM at I= 0.15 and 0.30, respectively, is very similar to that of the minor human isoform beta-antithrombin, which is not glycosylated at Asn135. Furthermore, the invariant third-position Ser137 at this glycosylation site of mammalian and chicken antithrombins is substituted by Thr in the s